生物工程系設有生物工程專業，分為生物制藥和食品生物技術兩個方向，具有生物化工碩士學位和博士學位授予權。生物工程系現有教師9人，博士學歷比率達100%，承擔化工學院本科、碩士及博士的專業課程教學，主要研究方向有生物醫藥及其劑型加工與應用、食品生物技術產品開發及應用、生物農藥及其劑型加工與應用、生物肥料開發與應用、生物質表面活性劑開發及應用等。近年來，生物工程系教學成果顯著，有多門課程被列為遼寧省一流本科課程，指導學生參加國家級、省級A類競賽屢獲佳績。另外，生物工程系在現代農業、功能型食品、工業微生物菌種轉化和分子生物學診斷等方面取得了突出的成績。
機構內崗位及人員：
主 任： 郝曉亮（副教授，博士，碩士生導師）
支部書記：魏伯峰（講師，博士）
教師：張 偉 （教授，博士，碩士生導師）
教師： 王? 勇（教授，博士，博士生導師）
教師： 徐英黔（副教授，博士，碩士生導師）
教師： 姜忠良 （副教授，博士，碩士生導師）
教師：張 麗（講師，博士）
教師：張程（講師，博士）
教師：孟凡池（講師，博士）